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烂尾大纲遁：
摩天楼：毛利叔设下了陷阱, 想要借riphath的手除去gin和vodka。
事情和电影里发展的很相似，女社长死亡后, 双子楼引发了爆炸。在毛利叔的要求下，少年侦探团和小兰园子乘坐同一电梯离开。
发型与灰原相近的园子招来了杀身之祸, 虽然在柯南的提醒下避过了子弹，但电梯仍然坏了。
灰原通过微型对讲机将射击方位报告给了riphath，同时和毛利兰等人展开自救。
riphath在得知了方位后摁下按钮炸毁了另一栋双子楼gin所在楼层。
原来给如月峰水提供炸药的正是riphath，是毛利叔暗地里从中牵线布的局。
vodka见到爆炸意识到他们被人算计了，这是个圈套。但因为gin生死不明一时间慌了手脚，他反复犹豫终于决定冲向爆炸楼层去和gin取得联系。
火势很大，vodka没能找到gin, 很快他放弃了寻找准备逃生时被尾随而来的帕帕制伏。
帕帕想要套出那个程序的消息, 却没想到还没死的gin拿着枪从废墟里走了出来。
两方对峙之时，帕帕发现他所得到的消息似乎与gin掌握的有些差距。他开始怀疑幕后有人动手脚。
gin放弃了vodka的命一心想杀了帕帕，帕帕则以付出了一条手的代价逃脱而出。
因为楼下聚集着大量的警察，gin无奈放弃了追踪独自一人离开。
事后帕帕和riphath联系灰原哀询问这件事的来龙去脉, 只是所有的线索都似乎没有头绪, 于是暂时作罢。
起疑：
gin逃离后着手调查帕帕的身份，他找专家做的面目五官拼图无意中被远东区的boss和被派遣来日本的bourbon看到。
boss并没有在意，反而是bourbon开始好奇这个人，他也让手下撒网追查此人。
事务所这边暂时平静。毛利叔犹豫是不是该推动gin和riphath的仇怨更深一步，让他们不死不休。
但小兰却带来了一个坏消息。
她们班转来了两个外国交换生兄妹，一个叫拉菲·格兰利，一个叫菲特·格兰利。
毛利叔发现了这两个大胆的以酒为名的人, 立刻警觉。他不知道这是巧合还是真的抱有目的前来。
贝克街：
工藤优作又一次来到日本，虽然借着游戏的名义，但毛利叔认为危险已经迫近。
游戏发布会那天，工藤优作和毛利叔来了一场私人对话，他试探毛利叔是不是claudean，并提出年龄从一开始就是伪装的猜想。
毛利叔否认了他荒谬的推论，并表示，工藤优作在做一件愚蠢的事。
工藤优作说他查到黑羽盗一曾经和威灵顿公爵有私交，而那正是claudean名义上的祖父。
毛利叔问工藤优作是否调查过他的身世。工藤优作没有否认。
毛利叔追问工藤优作是从哪里知道有个叫claudean的人，工藤优作说曾经见过一个长相很相似的外国人，是他在icpo的朋友。
毛利叔意识到不妙，很可能对方是故意纵使工藤优作去调查他，借机来圈定目标。同时他也对那个所谓长相相似的人好奇。
只是以他现在的实力无法进一步窥探此事。他也明白，如果真的是暴露了，就是死无葬身之地了。
毛利叔决定找人帮忙。
满月篇：
贝尔摩德想要揪出灰原哀，布下了万圣节陷阱。江户川柯南收到信件后想请服部来帮忙。而许久没出现的黑羽快斗突然间联系他希望参与这件事。
他告诉江户川柯南贝尔摩德是他父亲曾经的弟子。他有些事情想要去求证。
江户川柯南拒绝了坦言无论黑羽快斗从什么地方知道这件事他的计划里都没有让他和贝尔摩德面对面的机会。
黑羽快斗没有坚持，但他告诫江户川柯南不能大意。
当晚，一切如计划进行，贝尔摩德的身份被揭穿，她和茱蒂缠斗时被江户川柯南打落了□□，同时，茱蒂趁着贝尔摩德不注意，移动到死角制伏了她。
直接身体接触的贝尔摩德立刻识破了茱蒂的破绽，原来她是黑羽快斗假扮的。
后者在江户川柯南震惊的眼神里扯下伪装。
黑羽快斗问贝尔摩德当年他父亲的死因到底是什么，是不是和欧洲那边有关。贝尔摩德对黑羽快斗竟然知道这点有些惊讶，然后表示具体的不清楚，但的确有欧洲介入。
此时灰原哀前来，贝尔摩德趁着众人分神逃脱而出。
黑羽快斗因为赤井秀一的出现也只能匆匆离去。
但贝尔摩德没能逃远，她被riphath和帕帕捕捉了。
迷宫篇：
毛利一家来到京都，他们碰到了服部平次等人和小兰的同学拉菲、菲特。
拉菲和菲特加入了毛利叔的队伍。柯南在寺庙参观的过程中发现了gin的身影。
他立刻就秘密追踪gin。gin也没觉察不妥，被他顺着发现了一个京都根据地。
柯南和服部商议前去查探一番。正要出发前却被毛利叔制止。
但柯南仍然想方设法偷偷溜去了。
毛利叔不确定这是否是圈套，所以在发觉时并未前去。反而是暗中和别人通了电话去调查。
柯南和服部扑了个空，那里并没有什么交易地点。毛利叔看到拉菲和菲特一直不曾离开，确定这极可能就是个陷阱，于是决定反客为主。
只是他在下命令前见到了和柯南服部一道回来的黑羽快斗。
毛利叔把计划暂时作罢。
当晚黑羽快斗找到他想要谈谈。
黑羽快斗说他找到了他父亲曾经的日记本，并在那里了解了父亲当年在全球四处偷窃的经历、原因。
他问毛利叔为什么他父亲为他找□□的时候，他却娶了妃英理。
毛利叔什么也没回答，只是问日记本在哪里。
黑羽快斗再一次问他父亲的下落。
毛利叔说，盗一死了。
博弈篇：
服部平次和柯南不甘心放过gin，他们延长了留在京都的时间。柯南同时还联络了在东京的工藤优作。
工藤优作表示他从icpo那里得到了消息，的确组织在京都有据点。
灰原哀本不赞同他们的行动，但她接到riphath和帕帕的消息，从贝尔摩德口中证实了这一点。
工藤优作寻求fbi参与这个活动。
他们成功的找到了组织的京都联络地，并将其一举摧毁。
事情传到远东区高层，bokma震怒，他在出差回来的bourbon建议下找到fbi在日的小组根据地报复。
茱蒂当场死亡，詹姆斯也重伤，只有赤井秀一勉强逃脱。
fbi高层获悉了这样的惨讯，同时他们得到匿名线报说找到了东京根据地。
原来之前组织的行动虽然造成了惨重的伤亡，但正面的交锋留下了线索，也与线报吻合。
fbi当机立断，他们派遣特殊行动小组潜入东京，由赤井秀一带队完成剿灭。同时联合icpo向日本政府施压，要求对政界和商界的可疑人士排查。
他们的行动出乎意料的顺利，像是东京内部出了叛徒一样，轻而易举就给予了沉重打击。
然而就在他们想要彻底将这个势力摧毁的时候，组织却像人间蒸发一样，所有的痕迹都被抹去。
间谍篇：
众人对组织为何突然间隐去踪迹好奇不已。毛利叔则敏感的意识到之前拉菲和菲特来日本的目的很可能根本不是他，而是另有图谋。
他从暗处得知当日京都引发一系列行动的所谓gin是另一个叫bourbon的人假扮的。就在毛利叔想要让人进步一去调查这个bourbon是何许人也，灰原哀那边却出事了。
毛利叔本要去阿笠宅接柯南回家，走到半路的时候陪柯南会去取一件东西，却看到灰原哀被人带上一辆黑色的轿车。柯南想要冲过去救她，被毛利叔一掌击晕偷偷逃离，而在回事务所的路上，毛利叔被riphath的一通电话拦下。
三者见了面，riphath试探毛利叔的身份无果。同时柯南醒过来后向riphath询问灰原哀的被抓到底是为什么。席间他向毛利叔坦呈了自己工藤新一的身份和黑衣组织有关的事。
毛利叔掩饰过去后，柯南被riphath告知灰原哀是他们故意置之不理让组织抓走的。
同时riphath告诉柯南，抓灰原哀的并不是他知道的那个黑衣组织。
riphath离开后，柯南与毛利叔定下约定，包括以后向小兰解释清楚道歉等一系列的事，毛利叔也透露以前当刑警的时候有点印象，需要去警局考证。
柯南与他分开和黑羽快斗碰面。黑羽快斗警告柯南不要再插手这件事，否则会有性命之忧。
柯南问他是否与之前riphath提到的“不是黑衣组织”有关，黑羽快斗透露了一部分组织结构给他。
毛利叔找到长谷川空询问拉菲和菲特，后者告诉他他的猜测没错，拉菲和菲特的确是借由fbi的手伺机吞并远东区的势力，现在几乎已经成功瓜分了这里的组织。而灰原哀之所以被那么要紧的抓走，也是因为拉菲和菲特知晓aptx4869的重要性。
长谷川空还告诉他，bourbon是菲特派来远东的。这一系列的事正是由他从中牵线。
毛利叔表示尽管拉菲和菲特得到了他们的分成，但fbi对组织的打击不小。
长谷川空认同他的看法，也认为这件事很可能有fbi的间谍参与。
bourbon的嫌疑不小。
试探篇：
毛利叔决定借由fbi来铲除组织，并试探暗中到底还有谁在调查他。
他让柯南发现gin的行踪，伪装成线人暗示fbi后面有大鱼。fbi没有上钩，仅仅只让赤井带着少数人马前去。反而是icpo很轻易的就出动了大队人马。
行动小组的确发现了目标，但受到狙击，icpo伤亡严重。
毛利叔肯定fbi在组织有间谍，而icpo伤亡惨重也似乎不在预估范围。
此时，毛利叔终于查到那个与他长相相似的人身份便是如今组织最高领导人的副手，代号罗曼尼康帝。也证实了拉菲和菲特就是东欧和北美的组织统领代号。消息来源是威灵顿公爵。
但威灵顿公爵虽然证实了这些人的身份，却不能告诉他这几个人之间有什么利益纠葛。
向长谷川空询问同样无果后，毛利叔只能打出第二章底牌，他联系了意大利教皇。
后者暗示他，罗曼尼康帝和拉菲关系不合。
老者问毛利叔既然已经联系他了，是不是意味着准备重掌原先的势力，意大利这边还有人一直等着他回来。
毛利叔说他正是因为不想回去所以才只联系了教皇。他相信教皇不会暴露他。
老者告诫他恐怕很难如愿。
毛利叔希望教皇在他一旦暴露后提供后路。也再一次强调自己不愿意回到这些事情里的决心。
教皇答应。
在毛利叔整合完毕这些消息制定对策前，帕帕和riphath找上门来，确定的宣称他们已经猜到毛利叔的身份了。
毛利叔想到之前教皇的承诺不再否认。三人叙旧，riphath认为黑羽快斗是毛利叔最大的破绽。毛利叔则表示即便没有黑羽快斗，工藤优作的调查也几乎让他无处可藏。
riphath嘲笑他分明是在为黑羽快斗开脱，对毛利叔当年的行为愤怒，但得到毛利叔的道歉后却发觉毫无意义。
riphath认为毛利叔已经变了。
三人的叙旧因此沉默，紧接着围绕组织的事讨论。
在接收了riphath的信息后，毛利叔初步揣测了整件事情的缘由。
菲特和拉菲利用bourbon为诱饵诱使fbi来铲除远东势力。在消灭了大部分远东统领的亲信势力后，趁机接管并隐藏。
fbi与icpo的共同行动所找到的组织成员是拉菲和菲特的手下，而非以gin为首的原远东势力。fbi没有出动人马应该是在组织内部有更高级别的线报，而icpo的贸然出击则是化名为罗曼的人一手推动，一方面减弱icpo的战斗力，一方面向拉菲施加压力作为警告。
帕帕认为既然组织在内斗，完全可以推波助澜。riphath则谨慎的认为fbi在组织内部的间谍级别既然那么高不如坐山观虎斗。
毛利叔询问了这些年组织高层的动作，虽然帕帕和riphath在毛利叔当年离开后也走了，但对组织的那个领导者还略有了解。
毛利叔曾经的弟子denis在九年前上台后继承了dionysus的名字，而那个罗曼是在大约七年前组织大动乱不久后上位的，由dionysus一手扶持。
这次罗曼利用工藤优作，无论是否是他本人的意志，背后的dionysus迟早会知道。而毛利叔的身份也肯定瞒不了多久了。
甚至，极可能组织的内斗都是一手策划来专门蒙蔽毛利叔的。dionysus对找到毛利叔会不择手段。
毛利叔却说，即便是陷阱，他也要参与这场内斗。riphath劝说无果，三人商量具体的实施方案。
内斗篇：
毛利叔借由威灵顿公爵的势力大面积针对菲特的领域实施骚扰和打击。引起组织的警惕后又停止了所有行为，转而由riphath等人联系美国方面。遣动cia对拉菲所属的北美实施骚扰和打击。数个大型交易泡汤后，拉菲也终于停止了在日本地区的行动，专心处理北美事物。
但她刚刚将事态有所掌控时，原本未参与cia行动的fbi突然间也加入了逮捕行动。
北美的事态时空，数十位高层政商被闪电逮捕。拉菲想赶回北美遏制这一切，菲特却伺机抢占远东的地盘。
拉菲不愿放弃这块到手的肥肉，派人暗中在欧洲做小动作，并伪造成之前毛利叔实施的骚扰。
菲特不动声色警告拉菲停止，并劝说拉菲放弃远东的大部分所属权，否则再迟一些赶回北美，恐怕会有新的变故。
拉菲表面答应却不甘心那么久布置的心血全都泡汤，正在此时，原本残存的bokma手下派出gin为代表找拉菲谈判，希望能够结为同盟对付菲特。
拉菲嘲笑bokma的不自量力，gin则嗤笑拉菲别忘了还有个罗曼在背后虎视眈眈。
拉菲与bokma达成初步协议，bokma帮她牵制菲特，bokma得到拉菲的实质支援。
但在拉菲赶回美国之前，fbi和cia又停止了动作。菲特趁着拉菲放手远东时，直接快速袭击了bokma。拉菲察觉为时已晚，她勃然大怒。菲特只是认命bourbon去给拉菲工作，没有任何收手打算。
抢占了先机的菲特开始抢占北美份额。拉菲不得不忍痛让出在墨西哥的利益，要求和菲特谈判。
原来bourbon是拉菲安插在菲特身边的间谍，bokma找拉菲谈判的消息暴露了bokma本身，菲特正是因此才重创bokma。
菲特希望拉菲彻底放权远东，这样他才会停止在北美的动作。拉菲被菲特的要求彻底激怒，虽然口头答应，私底下却动用了安插在欧洲的力量反咬菲特。英国的特工和美国fbi也同时出手。
riphath等人分析了组织的内斗迹象认为虽然一开始是由他们掌握时机，但后来fbi介入的太过天衣无缝。
短短的一个月不到的时间，这个藏在组织内部的间谍就已经造成拉菲和菲特两个势力的重大伤亡。手段实在高明。这个人还非常的了解双方。
毛利叔和riphath还在好奇为什么到现在那个“罗曼”还不出手，警视厅就传来消息。有大规模组织犯罪。
决斗篇：
bokma不再隐藏，高调犯罪，日本警方介入调查。fbi因原行动的机密性不得不暂时撤退，而icpo则忽然间声称需要和高层汇报，重整人员再作打算。
只是死地而后生的bokma令菲特想要完全掌控远东的计划被打乱。
gin的手下由东大的老教授之手向riphath交了一份信，称灰原哀已经在他手中了。另一方面毛利兰和铃木园子外出时也被绑架。柯南同样收到了来自gin的信。
柯南，工藤优作，服部平次，毛利叔，妃英理聚在一起商量。因为gin没有提出任何要求也没有任何恐吓的话，众人一时间无从下手。
此时，黑羽快斗带来了vermouth的消息。
原来当初riphath捕捉了vermouth和她做了一笔交易。
vermouth知道aptx4869，也知道自己的特殊，而riphath说他会让灰原哀成为替代vermouth特殊性的人，抹杀vermouth的地位。riphath希望vermouth和她合作，毁掉组织也好，脱离组织也好。都可以。
vermouth明白其中的利害关系，答应合作，返回了组织，也为让灰原哀的返回埋下伏笔。
vermouth告诉众人，拉菲和bokma曾达成过交易，其中灰原哀就是交易的一项内容。所以现在灰原哀在bokma手里。
工藤优作等人对日本竟然还存在另一股组织力量的事实大为震惊。他认为毁灭组织单靠日本警方是不可能办到的。
黑羽快斗质疑icpo的可信度。毛利叔却称这可以一试。
riphath和帕帕得知后，困惑毛利叔为什么明知道icpo里有罗曼泄露消息也要冒着危险合作。
毛利叔没有解释，而是拜托帕帕和本家联系，必要时采取帮助。他也希望riphath和帕帕本人不要介入行动了。
众人焦急的等待组织的消息，而终于对方寄来了一段录像带。作为释放灰原哀和毛利兰等人的条件，需要所有警方的调查行动停止，icpo和fbi撤离日本。作为补充条件，他会向fbi提供一些他们想要的东西，前提是当面面谈。
他们希望工藤优作作为icpo的代表人，而fbi则由赤井秀一出面。而妃英理、毛利小五郎、江户川柯南作为毛利兰和灰原哀的亲友也必须在场。他们还可以再带一个人，这个人是谁由他们自己决定。
消息转告fbi和icpo，icpo认为工藤优作不具备代表他们谈判的资格，驳回了这个无理的条件，fbi也以真假无法鉴别为由不愿答应。
工藤优作亲自去和罗曼商量，拜托他能帮忙。罗曼称自己已经尽力，还会继续想办法。工藤优作心急如焚。
罗曼拿出一份文件交给工藤优作，称这是icpo对组织那个aptx4869药物的调查。
有关潘多拉的宝石传说，aptx4869永葆青春返老还童——等等。
最重要的，里面称这是有着起死回生之效的药物。
而组织似乎曾经做过实验。在九年前用这个药救回了一个人。
毛利叔保持镇定，回去后就要求riphath和帕帕等人向fbi和icpo施压，要求彻查资料。
riphath冲毛利叔怒吼，认为他疯了，这种虚构的资料竟然也会信以为真。
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烂尾大纲遁：
摩天楼：毛利叔设下了陷阱, 想要借riphath的手除去gin和vodka。
事情和电影里发展的很相似，女社长死亡后, 双子楼引发了爆炸。在毛利叔的要求下，少年侦探团和小兰园子乘坐同一电梯离开。
发型与灰原相近的园子招来了杀身之祸, 虽然在柯南的提醒下避过了子弹，但电梯仍然坏了。
灰原通过微型对讲机将射击方位报告给了riphath，同时和毛利兰等人展开自救。
riphath在得知了方位后摁下按钮炸毁了另一栋双子楼gin所在楼层。
原来给如月峰水提供炸药的正是riphath，是毛利叔暗地里从中牵线布的局。
vodka见到爆炸意识到他们被人算计了，这是个圈套。但因为gin生死不明一时间慌了手脚，他反复犹豫终于决定冲向爆炸楼层去和gin取得联系。
火势很大，vodka没能找到gin, 很快他放弃了寻找准备逃生时被尾随而来的帕帕制伏。
帕帕想要套出那个程序的消息, 却没想到还没死的gin拿着枪从废墟里走了出来。
两方对峙之时，帕帕发现他所得到的消息似乎与gin掌握的有些差距。他开始怀疑幕后有人动手脚。
gin放弃了vodka的命一心想杀了帕帕，帕帕则以付出了一条手的代价逃脱而出。
因为楼下聚集着大量的警察，gin无奈放弃了追踪独自一人离开。
事后帕帕和riphath联系灰原哀询问这件事的来龙去脉, 只是所有的线索都似乎没有头绪, 于是暂时作罢。
起疑：
gin逃离后着手调查帕帕的身份，他找专家做的面目五官拼图无意中被远东区的boss和被派遣来日本的bourbon看到。
boss并没有在意，反而是bourbon开始好奇这个人，他也让手下撒网追查此人。
事务所这边暂时平静。毛利叔犹豫是不是该推动gin和riphath的仇怨更深一步，让他们不死不休。
但小兰却带来了一个坏消息。
她们班转来了两个外国交换生兄妹，一个叫拉菲·格兰利，一个叫菲特·格兰利。
毛利叔发现了这两个大胆的以酒为名的人, 立刻警觉。他不知道这是巧合还是真的抱有目的前来。
贝克街：
工藤优作又一次来到日本，虽然借着游戏的名义，但毛利叔认为危险已经迫近。
游戏发布会那天，工藤优作和毛利叔来了一场私人对话，他试探毛利叔是不是claudean，并提出年龄从一开始就是伪装的猜想。
毛利叔否认了他荒谬的推论，并表示，工藤优作在做一件愚蠢的事。
工藤优作说他查到黑羽盗一曾经和威灵顿公爵有私交，而那正是claudean名义上的祖父。
毛利叔问工藤优作是否调查过他的身世。工藤优作没有否认。
毛利叔追问工藤优作是从哪里知道有个叫claudean的人，工藤优作说曾经见过一个长相很相似的外国人，是他在icpo的朋友。
毛利叔意识到不妙，很可能对方是故意纵使工藤优作去调查他，借机来圈定目标。同时他也对那个所谓长相相似的人好奇。
只是以他现在的实力无法进一步窥探此事。他也明白，如果真的是暴露了，就是死无葬身之地了。
毛利叔决定找人帮忙。
满月篇：
贝尔摩德想要揪出灰原哀，布下了万圣节陷阱。江户川柯南收到信件后想请服部来帮忙。而许久没出现的黑羽快斗突然间联系他希望参与这件事。
他告诉江户川柯南贝尔摩德是他父亲曾经的弟子。他有些事情想要去求证。
江户川柯南拒绝了坦言无论黑羽快斗从什么地方知道这件事他的计划里都没有让他和贝尔摩德面对面的机会。
黑羽快斗没有坚持，但他告诫江户川柯南不能大意。
当晚，一切如计划进行，贝尔摩德的身份被揭穿，她和茱蒂缠斗时被江户川柯南打落了□□，同时，茱蒂趁着贝尔摩德不注意，移动到死角制伏了她。
直接身体接触的贝尔摩德立刻识破了茱蒂的破绽，原来她是黑羽快斗假扮的。
后者在江户川柯南震惊的眼神里扯下伪装。
黑羽快斗问贝尔摩德当年他父亲的死因到底是什么，是不是和欧洲那边有关。贝尔摩德对黑羽快斗竟然知道这点有些惊讶，然后表示具体的不清楚，但的确有欧洲介入。
此时灰原哀前来，贝尔摩德趁着众人分神逃脱而出。
黑羽快斗因为赤井秀一的出现也只能匆匆离去。
但贝尔摩德没能逃远，她被riphath和帕帕捕捉了。
迷宫篇：
毛利一家来到京都，他们碰到了服部平次等人和小兰的同学拉菲、菲特。
拉菲和菲特加入了毛利叔的队伍。柯南在寺庙参观的过程中发现了gin的身影。
他立刻就秘密追踪gin。gin也没觉察不妥，被他顺着发现了一个京都根据地。
柯南和服部商议前去查探一番。正要出发前却被毛利叔制止。
但柯南仍然想方设法偷偷溜去了。
毛利叔不确定这是否是圈套，所以在发觉时并未前去。反而是暗中和别人通了电话去调查。
柯南和服部扑了个空，那里并没有什么交易地点。毛利叔看到拉菲和菲特一直不曾离开，确定这极可能就是个陷阱，于是决定反客为主。
只是他在下命令前见到了和柯南服部一道回来的黑羽快斗。
毛利叔把计划暂时作罢。
当晚黑羽快斗找到他想要谈谈。
黑羽快斗说他找到了他父亲曾经的日记本，并在那里了解了父亲当年在全球四处偷窃的经历、原因。
他问毛利叔为什么他父亲为他找□□的时候，他却娶了妃英理。
毛利叔什么也没回答，只是问日记本在哪里。
黑羽快斗再一次问他父亲的下落。
毛利叔说，盗一死了。
博弈篇：
服部平次和柯南不甘心放过gin，他们延长了留在京都的时间。柯南同时还联络了在东京的工藤优作。
工藤优作表示他从icpo那里得到了消息，的确组织在京都有据点。
灰原哀本不赞同他们的行动，但她接到riphath和帕帕的消息，从贝尔摩德口中证实了这一点。
工藤优作寻求fbi参与这个活动。
他们成功的找到了组织的京都联络地，并将其一举摧毁。
事情传到远东区高层，bokma震怒，他在出差回来的bourbon建议下找到fbi在日的小组根据地报复。
茱蒂当场死亡，詹姆斯也重伤，只有赤井秀一勉强逃脱。
fbi高层获悉了这样的惨讯，同时他们得到匿名线报说找到了东京根据地。
原来之前组织的行动虽然造成了惨重的伤亡，但正面的交锋留下了线索，也与线报吻合。
fbi当机立断，他们派遣特殊行动小组潜入东京，由赤井秀一带队完成剿灭。同时联合icpo向日本政府施压，要求对政界和商界的可疑人士排查。
他们的行动出乎意料的顺利，像是东京内部出了叛徒一样，轻而易举就给予了沉重打击。
然而就在他们想要彻底将这个势力摧毁的时候，组织却像人间蒸发一样，所有的痕迹都被抹去。
间谍篇：
众人对组织为何突然间隐去踪迹好奇不已。毛利叔则敏感的意识到之前拉菲和菲特来日本的目的很可能根本不是他，而是另有图谋。
他从暗处得知当日京都引发一系列行动的所谓gin是另一个叫bourbon的人假扮的。就在毛利叔想要让人进步一去调查这个bourbon是何许人也，灰原哀那边却出事了。
毛利叔本要去阿笠宅接柯南回家，走到半路的时候陪柯南会去取一件东西，却看到灰原哀被人带上一辆黑色的轿车。柯南想要冲过去救她，被毛利叔一掌击晕偷偷逃离，而在回事务所的路上，毛利叔被riphath的一通电话拦下。
三者见了面，riphath试探毛利叔的身份无果。同时柯南醒过来后向riphath询问灰原哀的被抓到底是为什么。席间他向毛利叔坦呈了自己工藤新一的身份和黑衣组织有关的事。
毛利叔掩饰过去后，柯南被riphath告知灰原哀是他们故意置之不理让组织抓走的。
同时riphath告诉柯南，抓灰原哀的并不是他知道的那个黑衣组织。
riphath离开后，柯南与毛利叔定下约定，包括以后向小兰解释清楚道歉等一系列的事，毛利叔也透露以前当刑警的时候有点印象，需要去警局考证。
柯南与他分开和黑羽快斗碰面。黑羽快斗警告柯南不要再插手这件事，否则会有性命之忧。
柯南问他是否与之前riphath提到的“不是黑衣组织”有关，黑羽快斗透露了一部分组织结构给他。
毛利叔找到长谷川空询问拉菲和菲特，后者告诉他他的猜测没错，拉菲和菲特的确是借由fbi的手伺机吞并远东区的势力，现在几乎已经成功瓜分了这里的组织。而灰原哀之所以被那么要紧的抓走，也是因为拉菲和菲特知晓aptx4869的重要性。
长谷川空还告诉他，bourbon是菲特派来远东的。这一系列的事正是由他从中牵线。
毛利叔表示尽管拉菲和菲特得到了他们的分成，但fbi对组织的打击不小。
长谷川空认同他的看法，也认为这件事很可能有fbi的间谍参与。
bourbon的嫌疑不小。
试探篇：
毛利叔决定借由fbi来铲除组织，并试探暗中到底还有谁在调查他。
他让柯南发现gin的行踪，伪装成线人暗示fbi后面有大鱼。fbi没有上钩，仅仅只让赤井带着少数人马前去。反而是icpo很轻易的就出动了大队人马。
行动小组的确发现了目标，但受到狙击，icpo伤亡严重。
毛利叔肯定fbi在组织有间谍，而icpo伤亡惨重也似乎不在预估范围。
此时，毛利叔终于查到那个与他长相相似的人身份便是如今组织最高领导人的副手，代号罗曼尼康帝。也证实了拉菲和菲特就是东欧和北美的组织统领代号。消息来源是威灵顿公爵。
但威灵顿公爵虽然证实了这些人的身份，却不能告诉他这几个人之间有什么利益纠葛。
向长谷川空询问同样无果后，毛利叔只能打出第二章底牌，他联系了意大利教皇。
后者暗示他，罗曼尼康帝和拉菲关系不合。
老者问毛利叔既然已经联系他了，是不是意味着准备重掌原先的势力，意大利这边还有人一直等着他回来。
毛利叔说他正是因为不想回去所以才只联系了教皇。他相信教皇不会暴露他。
老者告诫他恐怕很难如愿。
毛利叔希望教皇在他一旦暴露后提供后路。也再一次强调自己不愿意回到这些事情里的决心。
教皇答应。
在毛利叔整合完毕这些消息制定对策前，帕帕和riphath找上门来，确定的宣称他们已经猜到毛利叔的身份了。
毛利叔想到之前教皇的承诺不再否认。三人叙旧，riphath认为黑羽快斗是毛利叔最大的破绽。毛利叔则表示即便没有黑羽快斗，工藤优作的调查也几乎让他无处可藏。
riphath嘲笑他分明是在为黑羽快斗开脱，对毛利叔当年的行为愤怒，但得到毛利叔的道歉后却发觉毫无意义。
riphath认为毛利叔已经变了。
三人的叙旧因此沉默，紧接着围绕组织的事讨论。
在接收了riphath的信息后，毛利叔初步揣测了整件事情的缘由。
菲特和拉菲利用bourbon为诱饵诱使fbi来铲除远东势力。在消灭了大部分远东统领的亲信势力后，趁机接管并隐藏。
fbi与icpo的共同行动所找到的组织成员是拉菲和菲特的手下，而非以gin为首的原远东势力。fbi没有出动人马应该是在组织内部有更高级别的线报，而icpo的贸然出击则是化名为罗曼的人一手推动，一方面减弱icpo的战斗力，一方面向拉菲施加压力作为警告。
帕帕认为既然组织在内斗，完全可以推波助澜。riphath则谨慎的认为fbi在组织内部的间谍级别既然那么高不如坐山观虎斗。
毛利叔询问了这些年组织高层的动作，虽然帕帕和riphath在毛利叔当年离开后也走了，但对组织的那个领导者还略有了解。
毛利叔曾经的弟子denis在九年前上台后继承了dionysus的名字，而那个罗曼是在大约七年前组织大动乱不久后上位的，由dionysus一手扶持。
这次罗曼利用工藤优作，无论是否是他本人的意志，背后的dionysus迟早会知道。而毛利叔的身份也肯定瞒不了多久了。
甚至，极可能组织的内斗都是一手策划来专门蒙蔽毛利叔的。dionysus对找到毛利叔会不择手段。
毛利叔却说，即便是陷阱，他也要参与这场内斗。riphath劝说无果，三人商量具体的实施方案。
内斗篇：
毛利叔借由威灵顿公爵的势力大面积针对菲特的领域实施骚扰和打击。引起组织的警惕后又停止了所有行为，转而由riphath等人联系美国方面。遣动cia对拉菲所属的北美实施骚扰和打击。数个大型交易泡汤后，拉菲也终于停止了在日本地区的行动，专心处理北美事物。
但她刚刚将事态有所掌控时，原本未参与cia行动的fbi突然间也加入了逮捕行动。
北美的事态时空，数十位高层政商被闪电逮捕。拉菲想赶回北美遏制这一切，菲特却伺机抢占远东的地盘。
拉菲不愿放弃这块到手的肥肉，派人暗中在欧洲做小动作，并伪造成之前毛利叔实施的骚扰。
菲特不动声色警告拉菲停止，并劝说拉菲放弃远东的大部分所属权，否则再迟一些赶回北美，恐怕会有新的变故。
拉菲表面答应却不甘心那么久布置的心血全都泡汤，正在此时，原本残存的bokma手下派出gin为代表找拉菲谈判，希望能够结为同盟对付菲特。
拉菲嘲笑bokma的不自量力，gin则嗤笑拉菲别忘了还有个罗曼在背后虎视眈眈。
拉菲与bokma达成初步协议，bokma帮她牵制菲特，bokma得到拉菲的实质支援。
但在拉菲赶回美国之前，fbi和cia又停止了动作。菲特趁着拉菲放手远东时，直接快速袭击了bokma。拉菲察觉为时已晚，她勃然大怒。菲特只是认命bourbon去给拉菲工作，没有任何收手打算。
抢占了先机的菲特开始抢占北美份额。拉菲不得不忍痛让出在墨西哥的利益，要求和菲特谈判。
原来bourbon是拉菲安插在菲特身边的间谍，bokma找拉菲谈判的消息暴露了bokma本身，菲特正是因此才重创bokma。
菲特希望拉菲彻底放权远东，这样他才会停止在北美的动作。拉菲被菲特的要求彻底激怒，虽然口头答应，私底下却动用了安插在欧洲的力量反咬菲特。英国的特工和美国fbi也同时出手。
riphath等人分析了组织的内斗迹象认为虽然一开始是由他们掌握时机，但后来fbi介入的太过天衣无缝。
短短的一个月不到的时间，这个藏在组织内部的间谍就已经造成拉菲和菲特两个势力的重大伤亡。手段实在高明。这个人还非常的了解双方。
毛利叔和riphath还在好奇为什么到现在那个“罗曼”还不出手，警视厅就传来消息。有大规模组织犯罪。
决斗篇：
bokma不再隐藏，高调犯罪，日本警方介入调查。fbi因原行动的机密性不得不暂时撤退，而icpo则忽然间声称需要和高层汇报，重整人员再作打算。
只是死地而后生的bokma令菲特想要完全掌控远东的计划被打乱。
gin的手下由东大的老教授之手向riphath交了一份信，称灰原哀已经在他手中了。另一方面毛利兰和铃木园子外出时也被绑架。柯南同样收到了来自gin的信。
柯南，工藤优作，服部平次，毛利叔，妃英理聚在一起商量。因为gin没有提出任何要求也没有任何恐吓的话，众人一时间无从下手。
此时，黑羽快斗带来了vermouth的消息。
原来当初riphath捕捉了vermouth和她做了一笔交易。
vermouth知道aptx4869，也知道自己的特殊，而riphath说他会让灰原哀成为替代vermouth特殊性的人，抹杀vermouth的地位。riphath希望vermouth和她合作，毁掉组织也好，脱离组织也好。都可以。
vermouth明白其中的利害关系，答应合作，返回了组织，也为让灰原哀的返回埋下伏笔。
vermouth告诉众人，拉菲和bokma曾达成过交易，其中灰原哀就是交易的一项内容。所以现在灰原哀在bokma手里。
工藤优作等人对日本竟然还存在另一股组织力量的事实大为震惊。他认为毁灭组织单靠日本警方是不可能办到的。
黑羽快斗质疑icpo的可信度。毛利叔却称这可以一试。
riphath和帕帕得知后，困惑毛利叔为什么明知道icpo里有罗曼泄露消息也要冒着危险合作。
毛利叔没有解释，而是拜托帕帕和本家联系，必要时采取帮助。他也希望riphath和帕帕本人不要介入行动了。
众人焦急的等待组织的消息，而终于对方寄来了一段录像带。作为释放灰原哀和毛利兰等人的条件，需要所有警方的调查行动停止，icpo和fbi撤离日本。作为补充条件，他会向fbi提供一些他们想要的东西，前提是当面面谈。
他们希望工藤优作作为icpo的代表人，而fbi则由赤井秀一出面。而妃英理、毛利小五郎、江户川柯南作为毛利兰和灰原哀的亲友也必须在场。他们还可以再带一个人，这个人是谁由他们自己决定。
消息转告fbi和icpo，icpo认为工藤优作不具备代表他们谈判的资格，驳回了这个无理的条件，fbi也以真假无法鉴别为由不愿答应。
工藤优作亲自去和罗曼商量，拜托他能帮忙。罗曼称自己已经尽力，还会继续想办法。工藤优作心急如焚。
罗曼拿出一份文件交给工藤优作，称这是icpo对组织那个aptx4869药物的调查。
有关潘多拉的宝石传说，aptx4869永葆青春返老还童——等等。
最重要的，里面称这是有着起死回生之效的药物。
而组织似乎曾经做过实验。在九年前用这个药救回了一个人。
毛利叔保持镇定，回去后就要求riphath和帕帕等人向fbi和icpo施压，要求彻查资料。
riphath冲毛利叔怒吼，认为他疯了，这种虚构的资料竟然也会信以为真。
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